miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Ghi-MIR156a PmiREN008308 MIR156 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030082.1 42919976 42920100 - TTAGAGAGGAAGGAGAGGTCTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGCAGGCAGATTGTATGAAAGGCCATACCTTTGCCCGCCGTGTGCTCACTTCTCTTCTGTCAGCTTAACAATTCACTCTTTACA ...................(((((((((((((((((((((((((.((((((..(((((......))))).)))))).).))))))))))).)))))))))))))..................... 42919996 42920080 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACGCAGGCAGATTGTATGAAAGGCCATACCTTTGCCCGCCGTGTGCTCACTTCTCTTCTGTCAGC ((((((((((((((((((((((((.((((((..(((((......))))).)))))).).))))))))))).)))))))))))).. 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Ghi-miR164e 31882703 31882723 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA Ghi-miR164e* 31882657 31882677 CACGTGCTCCCCTTCTCCACC 3 Ghi-MIR164f PmiREN008357 MIR164 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030099.1 23224614 23224748 - GCGGGTGCGAAGCTCCTTGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAGAAAGTGCTTGAATTGGTGCCACATATATCATATGTATATATATCACCTTCTGCACGTGCTCCCTTTCTCCAACATGGGTTCCACACCTATTAC ..(((((.(.(((.((.(((((((((((..((((((((((((((............((((....((((((.....))))))....))))))))))))))))))..))))))))))).))))).).)))))..... 23224634 23224728 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAGAAAGTGCTTGAATTGGTGCCACATATATCATATGTATATATATCACCTTCTGCACGTGCTCCCTTTCTCCAAC ((((((((..((((((((((((((............((((....((((((.....))))))....))))))))))))))))))..)))))))).. Ghi-miR164f 23224708 23224728 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA Ghi-miR164f* 23224634 23224654 CACGTGCTCCCTTTCTCCAAC 3 Ghi-MIR164g PmiREN008358 MIR164 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962021.1 2036293 2036431 - AAGGGGTGAATAGGTCTTGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAAAGAGTGCCTTAATCCCCATTTGGCTTCAATACATATATATGTATGTGCGTTGTTGCACGTGCTCCCCTTCTCCAACTGGGGTTACTCACCCTATCT ....................((((((((..((((((((((((..(((.(((.............))))))..(((((((....))))))).....))))))))))))..))))))))..((((((.....))))))... 2036313 2036411 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAAAGAGTGCCTTAATCCCCATTTGGCTTCAATACATATATATGTATGTGCGTTGTTGCACGTGCTCCCCTTCTCCAAC ((((((((..((((((((((((..(((.(((.............))))))..(((((((....))))))).....))))))))))))..)))))))).. 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Ghi-miR169ab 20889907 20889927 TAGCCAATGATGACTTGCCTG Ghi-miR169ab* 20890000 20890019 GGCAGTCACCTTGGCTAATC 3 Ghi-MIR169ac PmiREN008436 MIR169 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030081.1 49564829 49564981 - ATGAAAAGAGTCGTGTTTGGTAGCCAATGATGACTTGCCTGCATCTTTCAAAGAGGTTCAAAATCTCTGTATCAACCATGGAAAAGAACCAGAAGCTCTTTGTGAGGGTGCCAGGCAGTCACCTTGGCTAATCTAACAGGTTCTTGTCCCTCA .....(((((.(.((((.(((((((((.(.(((((.(((((((((((((((((((.(((......(((...(((....)))...)))....))).))))))).))))))).))))))))))).)))))).))).)))).))))))........ 49564849 49564961 TAGCCAATGATGACTTGCCTGCATCTTTCAAAGAGGTTCAAAATCTCTGTATCAACCATGGAAAAGAACCAGAAGCTCTTTGTGAGGGTGCCAGGCAGTCACCTTGGCTAATC (((((((.(.(((((.(((((((((((((((((((.(((......(((...(((....)))...)))....))).))))))).))))))).))))))))))).)))))).).. 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Ghi-miR169ai 41044932 41044952 TAGCCAATGATGACTTGCCTG Ghi-miR169ai* 41045025 41045044 GGCAGTCACCTTGGCTAATC 3 Ghi-MIR169aj PmiREN008443 MIR169 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030091.1 23210137 23210289 + ATGAAAAGAGTCGTGTTTGGTAGCCAATGATGACTTGCCTGCATCTTTCAAAGAGGTTCAAAATCTCTGTATCAACCATGGAAAAGAACCAGAAGCTCTTTGTGAGGGTGCCAGGCAGTCACCTTGGCTAATCTAACAGGTTCTTGTCCCTCA .....(((((.(.((((.(((((((((.(.(((((.(((((((((((((((((((.(((......(((...(((....)))...)))....))).))))))).))))))).))))))))))).)))))).))).)))).))))))........ 23210157 23210269 TAGCCAATGATGACTTGCCTGCATCTTTCAAAGAGGTTCAAAATCTCTGTATCAACCATGGAAAAGAACCAGAAGCTCTTTGTGAGGGTGCCAGGCAGTCACCTTGGCTAATC (((((((.(.(((((.(((((((((((((((((((.(((......(((...(((....)))...)))....))).))))))).))))))).))))))))))).)))))).).. 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Ghi-miR319j 45071957 45071977 TTGGACTGAAGGGAGCTCCTT Ghi-miR319j* 45071799 45071819 AGAGCTTCCTTCAGCCCACTC 3 Ghi-MIR319k PmiREN008506 MIR319 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962067.1 407469 407687 + CTTGTTGAATAAAAGGAAGCGGAGCTCCTTTTGGTCCAATACAGGGGGCAGAGAAGGGGATAGAGCTGCCATCTCATGCATTCCGGCTATGCTTAAACCTTTACCTCCATCGTCTAATGTTAAGCAGAGCCAGATGCATGGTGTGGGAGCAACTCCTTCCCCATCCTTTGCCCACCCATTGGACTGAAGGGAGCTCCCTGCTTCATTGCATGCATGCAT ...............(((((((((((((((((((((((((...(((((((((((.(((((..(((((.((((.(((((((((..((((.(((((((......((.......))......))))))).)))).))))))))).)))).)))...))..))))).).)))))))).)).))))))))))))))))))))..)))))..((((....)))). 407489 407667 GGAGCTCCTTTTGGTCCAATACAGGGGGCAGAGAAGGGGATAGAGCTGCCATCTCATGCATTCCGGCTATGCTTAAACCTTTACCTCCATCGTCTAATGTTAAGCAGAGCCAGATGCATGGTGTGGGAGCAACTCCTTCCCCATCCTTTGCCCACCCATTGGACTGAAGGGAGCTCCCT ((((((((((((((((((((...(((((((((((.(((((..(((((.((((.(((((((((..((((.(((((((......((.......))......))))))).)))).))))))))).)))).)))...))..))))).).)))))))).)).)))))))))))))))))))).. Ghi-miR319k 407647 407667 TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT Ghi-miR319k* 407489 407509 GGAGCTCCTTTTGGTCCAATA 3 Ghi-MIR319l PmiREN008507 MIR319 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962076.1 561994 562213 - AGTTAGAGAAATGGGAAGAGAGAGCTTCCATCAGCCCACTTACGGATAGGAACAAGGGGGTTGGACTAGCTGCCGACTCATTCATTCAAGCACTCAGTAGAAGACGGATATTGGCGATTTTGCTACTGTGATTGTGTGAATGATGCGGGAGATGGTTTTGCATCCCCCTTTCTCCGTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTCTTTCTCTTCACCTCATTTA ........(((((((((((((((((((((.((((.(((..((((((...(((..((((((.(((((((.((.(((..((((((((.(((.(((..(((((((((((........)).)))).)))))))).))).))))))))..))).)).)))))...)).)))))))))))))))..))).)))).))))))))......)))))))...)))))). 562014 562193 AGAGCTTCCATCAGCCCACTTACGGATAGGAACAAGGGGGTTGGACTAGCTGCCGACTCATTCATTCAAGCACTCAGTAGAAGACGGATATTGGCGATTTTGCTACTGTGATTGTGTGAATGATGCGGGAGATGGTTTTGCATCCCCCTTTCTCCGTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTT .((((((((.((((.(((..((((((...(((..((((((.(((((((.((.(((..((((((((.(((.(((..(((((((((((........)).)))).)))))))).))).))))))))..))).)).)))))...)).)))))))))))))))..))).)))).))))))))... 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Ghi-miR394c 11039033 11039052 TTGGCATTCTGTCCACCTCC Ghi-miR394c* 11039111 11039131 GAGGCGGCCAGTATGTCAAAT 3 Ghi-MIR394d PmiREN008540 MIR394 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962020.1 2137687 2137825 + GGCTTTGTTGCAGAGCCAATTTGGCATTCTGTCCACCTCCATTGATGTACTTCTTCTTACCTACCCAACTTATAAAATGATTTGTCTTTGAAGTAATGGAGGCGGCCAGTATGTCAAATAGACTCTGTAAATTTCTCTC ((.....((((((((.(.(((((((((.(((.((.(((((((.....((((((....................................))))))))))))).)).))).))))))))).).)))))))).....)).. 2137707 2137805 TTGGCATTCTGTCCACCTCCATTGATGTACTTCTTCTTACCTACCCAACTTATAAAATGATTTGTCTTTGAAGTAATGGAGGCGGCCAGTATGTCAAAT (((((((.(((.((.(((((((.....((((((....................................))))))))))))).)).))).))))))).. Ghi-miR394d 2137707 2137726 TTGGCATTCTGTCCACCTCC Ghi-miR394d* 2137785 2137805 GAGGCGGCCAGTATGTCAAAT 3 Ghi-MIR394e PmiREN008541 MIR394 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962044.1 46712 46812 + GGCGCAGTTGCAGAGCCAATTTGGCATTCTGTCCACCTCCAACAATAATTCTTGGTAGTGGAGGTGGTCAGTATGTCAAACAGGCAGTGTAAATTTGTCAC ((((...(((((..(((..((((((((.(((.(((((((((....(((...)))....))))))))).))).))))))))..)))..)))))...)))).. 46732 46792 TTGGCATTCTGTCCACCTCCAACAATAATTCTTGGTAGTGGAGGTGGTCAGTATGTCAAAC (((((((.(((.(((((((((....(((...)))....))))))))).))).))))))).. 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Ghi-miR396n 52012509 52012529 TTCCACAGCTTTCTTGAACTG Ghi-miR396n* 52012604 52012624 GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG 3 Ghi-MIR396o PmiREN008569 MIR396 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962097.1 250737 250898 + AAATGGCCCTCTTGGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCAACTTCGTCATAGATCGTTGGTTGCCTGTTGTTGTTAATGGTGCATCCATGTGGGCGGTATACGGCTATTTTTTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACACACAGGGCCAAAAGC ...(((((((..(((((((.((((((((((((.(((((((((((..((......))....(((.(((((((((....)))))).))).))).((((.((.....)).)))).....))))))))))).)))))))))))).))))).)).)))))))..... 250757 250878 TTCCACAGCTTTCTTGAACTGCAACTTCGTCATAGATCGTTGGTTGCCTGTTGTTGTTAATGGTGCATCCATGTGGGCGGTATACGGCTATTTTTTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAG ((((((((((((.(((((((((((..((......))....(((.(((((((((....)))))).))).))).((((.((.....)).)))).....))))))))))).)))))))))))).. Ghi-miR396o 250757 250777 TTCCACAGCTTTCTTGAACTG Ghi-miR396o* 250858 250878 GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG 3 Ghi-MIR396p PmiREN008570 MIR396 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030078.1 39243915 39244074 - TGGGGTTTGGTTGCATGCTTTTTCACAGCTTTCTTGAACTTGGCTACTCTCTCTGGCTCTGCATGCCTTCTCTTCTCTATTCCTACTGGAAGCATTAATCCTCAGTCAGTGTATATGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAAATCATGGACGCCCCATTTTTA ((((((...(((.((((.(((((((((((((((((((.(((.(.(((.((..((((......((((.............((((....))))))))......))))..)).)))..).))).))))))))))))))))))).)))))))))))))...... 39243935 39244054 TTTCACAGCTTTCTTGAACTTGGCTACTCTCTCTGGCTCTGCATGCCTTCTCTTCTCTATTCCTACTGGAAGCATTAATCCTCAGTCAGTGTATATGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAAA (((((((((((((((((.(((.(.(((.((..((((......((((.............((((....))))))))......))))..)).)))..).))).))))))))))))))))).. 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Ghi-miR8634c 14175418 14175438 TTGGTATGGAGGATGGAAAAT Ghi-miR8634c* 14175505 14175525 AATTTATCCTCCATACCAAGC 3 Ghi-MIR8634d PmiREN008695 MIR8634 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030086.1 47922470 47922652 + AGTGGACCTTAAACCCTTGCTTGGTATGGAGGATGGAAAAGAGTGAAGATGGAAAATTTGTTAATCAAATGGCCAAGATTCACAATCACTTTCCTACTTTGTAACTTAACCATTAGATTGACAAATTTTCTATCCTACCTCTTTTCCATCCTTCGTACCAAACAAAGCTTAAGTGATATAATA ....................(((((((((((((((((((((((....(((((((((((((((((((.(((((..(((.((.((((.............)))))))))..))))).)))))))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))........((..........)) 47922490 47922632 TTGGTATGGAGGATGGAAAAGAGTGAAGATGGAAAATTTGTTAATCAAATGGCCAAGATTCACAATCACTTTCCTACTTTGTAACTTAACCATTAGATTGACAAATTTTCTATCCTACCTCTTTTCCATCCTTCGTACCAAAC (((((((((((((((((((((((....(((((((((((((((((((.(((((..(((.((.((((.............)))))))))..))))).)))))))))))))))))))....))))))))))))))))))))))).. 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Ghi-miRN34b 17898432 17898451 AGTCCTTGTGTTGCACCCCT Ghi-miRN34b* 17898468 17898488 GGGTGAAAGTAGTACGAGACT 3 Ghi-MIRN34c PmiREN008805 MIRN34 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030087.1 33156957 33157221 + ACTAGGATTGGTGAACTCCTGGGAAGTCCTTGTGTTGCACCCCTCCCATTTTATTTCATATATAGTTTATTTTTAGTTGCATTCTCTACACGTGGTGTAACTAAGTAGTTATTTGCGTTTTGCGAAATAAAAAATTTGAAACGTTATTTGGTCGAATTTGCATTCAAATTCAAGGCGCGAGTGCGATAGGGGGCAGCCTTTATGTAAGTAGATTGTGTAAGAGTTGACGGGTGTGATCATACCAACAGTA .((((((((....)).))))))...((...((((((((((((.((.........(((.(((((((((((((((((((((((((..........))))))))))).....(((((((((((((.........((((((((..((.....)).))))))))...........)))))))))))))..(((((((....)))))))..)))))))))))))).)))..)).)))))))).))))...)).... 33156977 33157201 AGTCCTTGTGTTGCACCCCTCCCATTTTATTTCATATATAGTTTATTTTTAGTTGCATTCTCTACACGTGGTGTAACTAAGTAGTTATTTGCGTTTTGCGAAATAAAAAATTTGAAACGTTATTTGGTCGAATTTGCATTCAAATTCAAGGCGCGAGTGCGATAGGGGGCAGCCTTTATGTAAGTAGATTGTGTAAGAGTTGACGGGTGTGATCATACCAACAGT .((...((((((((((((.((.........(((.(((((((((((((((((((((((((..........))))))))))).....(((((((((((((.........((((((((..((.....)).))))))))...........)))))))))))))..(((((((....)))))))..)))))))))))))).)))..)).)))))))).))))...))... Ghi-miRN34c 33156977 33156996 AGTCCTTGTGTTGCACCCCT Ghi-miRN34c* 33157181 33157201 GGGTGTGATCATACCAACAGT 3 Ghi-MIRN34d PmiREN008842 MIRN34 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030086.1 31239 31504 + CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCTTCCCATTTTATTTCATATAATGTTTTTTTTAGTTGCGTTTTCTCCACGTGGTGTAACTCATTCGTTATTTGCATTTTGTGAAATAAATAATTTGAAACGATATTTGGTTGAATTTGCATTTAAATCTGAGGCGCAAGTGCGATAAGTGGCAGCCTTTATATGAATAGATTGCGCAAGAGTTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAAT ((((((.((....))))))))..(((.((.(((((((((((.......(((((((((((.(((((..........((.(((..(.((....)).).))).))..........))))).)))))))))))...................(((((.(((((.....((((((((((.....(((........)))))))).........)))))..)))))..))))))))))))))...)).)).)))... 31259 31484 AGTCCTCGTGTTGCACCCTTCCCATTTTATTTCATATAATGTTTTTTTTAGTTGCGTTTTCTCCACGTGGTGTAACTCATTCGTTATTTGCATTTTGTGAAATAAATAATTTGAAACGATATTTGGTTGAATTTGCATTTAAATCTGAGGCGCAAGTGCGATAAGTGGCAGCCTTTATATGAATAGATTGCGCAAGAGTTGACGGGTGCGATCATACCAGCACTAA (((.((.(((((((((((.......(((((((((((.(((((..........((.(((..(.((....)).).))).))..........))))).)))))))))))...................(((((.(((((.....((((((((((.....(((........)))))))).........)))))..)))))..))))))))))))))...)).)).))).. 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Ghi-miRN169 41224342 41224362 GTTCCCTCCGGCACTTCAGTT Ghi-miRN169* 41224294 41224314 CTGAAGTGTTTGGGGGAACTC 3 Ghi-MIRN1011 PmiREN008892 MIRN1011 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015964355.1 793 894 - TGCCATCGTGGATCTCAGTGGGTTTTTGAAAGGGAAACTCCGGTGATGAAAAGATCTCCTTCGTTTCCCACAGACGGCGCCAATTGATGATTTGAGATCCAA ........((((((((((((((((((((...(((((((...((.(((......))).))...))))))).)))).))).))).........)))))))))). 813 874 GGTTTTTGAAAGGGAAACTCCGGTGATGAAAAGATCTCCTTCGTTTCCCACAGACGGCGCCA ((((((((...(((((((...((.(((......))).))...))))))).)))).))).).. 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Ghi-miRN1183b 58296842 58296863 TTCCCGAGGCCACCCATTCCAG Ghi-miRN1183b* 58296777 58296797 GGAATGGGGTCTTTGGGATGA 3 Ghi-MIRN1374 PmiREN008847 MIRN1374 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030088.1 26035207 26035342 + GGATTCTAGAAAGCTCGTGGGATGGGTGAGGGGGTAAGACAATGGACTGTTTCAGTCTTTTGGAAACAGAAATAAAGAAGAAGGCTGGTTTATGTCTTGCCTACTCCACCCATGCCACTGGTTTCCTGGTGTTCCT (((..((((.(((((.((((.(((((((((.((((((((((.(((((.....(((((((((.................)))))))))))))))))))))))).)).))))))).)))).))))).))))...))). 26035227 26035322 GATGGGTGAGGGGGTAAGACAATGGACTGTTTCAGTCTTTTGGAAACAGAAATAAAGAAGAAGGCTGGTTTATGTCTTGCCTACTCCACCCATGCC .(((((((((.((((((((((.(((((.....(((((((((.................)))))))))))))))))))))))).)).)))))))... 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Ghi-miRN1385b 45125559 45125579 CAAAGAGAACAATACTGGTAT Ghi-miRN1385b* 45125414 45125434 ACTATTGTTATCCTCATTGGA 3 Ghi-MIRN1390 PmiREN008830 MIRN1390 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962099.1 229881 230000 + AAAGGCGAAACGCCACAAATCCCATCTTTTCCCCAAATCTTTTAAAGTCCATGAACAACATGTTTGTGTTGTCTAAAAAGATTTGGGGCAAAGACGGGATTAGTGGGAAAGTCGAGTCTT .....(((....((((.((((((.(((((.(((((((((((((..((.(((((((((...))))))))..).)).))))))))))))).))))).)))))).)))).....)))...... 229901 229980 CCCATCTTTTCCCCAAATCTTTTAAAGTCCATGAACAACATGTTTGTGTTGTCTAAAAAGATTTGGGGCAAAGACGGGAT (((.(((((.(((((((((((((..((.(((((((((...))))))))..).)).))))))))))))).))))).))).. 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Ghi-miRN1432 27028566 27028586 ACGGCTTCAGAAACCATCCCT Ghi-miRN1432* 27028643 27028663 GGATGATTTCTGAAATTTTAG 3 Ghi-MIRN1433 PmiREN008801 MIRN1433 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962108.1 691094 691210 - GTCTTAGTTTGCGTCTTGTCTTTTGAACTGGATTTGCCGACTTGAACTGCGTTGTTGAAGGTTTACAAAACCCGAGCCTGCAAATCCAGTCAAAAGTTAAACCGGGCTGAGATTTAC (((((((((((.((.(((.(((((((.((((((((((.(.(((((((......)))...(((((...))))))))).).))))))))))))))))).)))))))))))))))).... 691114 691190 TTTTGAACTGGATTTGCCGACTTGAACTGCGTTGTTGAAGGTTTACAAAACCCGAGCCTGCAAATCCAGTCAAAAGT ((((((.((((((((((.(.(((((((......)))...(((((...))))))))).).)))))))))))))))).. 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Ghi-miRN1434 17956296 17956315 ATGTGGAATCGTCTTGCGCC Ghi-miRN1434* 17956110 17956130 AGGCTAGAACGGACTTACTGT 3 Ghi-MIRN1435 PmiREN008803 MIRN1435 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030084.1 81108010 81108121 - ATAATATTGTTATCTACAGCTTTAGAAATCATTCCTTCCTTGTTTAATGTACAGATACACACATATAACAAGGAATGGATGATTTCTAAAGCTTTAGATAGCTTTATCATGA ((.(((..((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((..((((..........))))..))))))))).))))))))))))))))).))))))))..))).)).. 81108030 81108101 TTTAGAAATCATTCCTTCCTTGTTTAATGTACAGATACACACATATAACAAGGAATGGATGATTTCTAAAGC ((((((((((((((.(((((((((..((((..........))))..))))))))).)))))))))))))).. Ghi-miRN1435 81108081 81108101 TTTAGAAATCATTCCTTCCTT Ghi-miRN1435* 81108030 81108050 GGAATGGATGATTTCTAAAGC 3 Ghi-MIRN1436 PmiREN008806 MIRN1436 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030091.1 16456253 16456369 - TAGCGGCGTTTGTGACAAAAGCGTCGCTATAGACCATGACCTTTAGCAGCGTTTGTGTTAAAAGCGCCACTAAAGGTCATGGTCTGTAGCGACGTTTTTGATAAAAGTGCTGCTAAA ...............(((((((((((((((((((((((((((((((..((((((.......))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))................. 16456273 16456349 GCGTCGCTATAGACCATGACCTTTAGCAGCGTTTGTGTTAAAAGCGCCACTAAAGGTCATGGTCTGTAGCGACGTTT ((((((((((((((((((((((((((..((((((.......))))))..)))))))))))))))))))))))))).. Ghi-miRN1436 16456273 16456293 TCATGGTCTGTAGCGACGTTT Ghi-miRN1436* 16456329 16456349 GCGTCGCTATAGACCATGACC 3 Ghi-MIRN1437 PmiREN008808 MIRN1437 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030093.1 37479005 37479131 - TATTCAGTAAAAACACCAAGGTACGGAGTTTTGCAACTGCACAATCAACAATCATCTCGAAATCATTTTAGCTGTTGTTGATTTTGCAGTCGCAGAACTCCGTACCTTGGCGCCTTGCCATATGATG .............(.(((((((((((((((((((.((((((.(((((((((.((.((.(((....))).)).))))))))))).)))))).))))))))))))))))))).)......(((...))) 37479025 37479111 GTACGGAGTTTTGCAACTGCACAATCAACAATCATCTCGAAATCATTTTAGCTGTTGTTGATTTTGCAGTCGCAGAACTCCGTACCT ((((((((((((((.((((((.(((((((((.((.((.(((....))).)).))))))))))).)))))).)))))))))))))).. 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Ghi-miRN1438 609898 609918 TGAATCTAGTTTCTCTCTTAC Ghi-miRN1438* 609964 609984 AAGGGAAAGACTAGATTCATA 3 Ghi-MIRN1439 PmiREN008810 MIRN1439 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030086.1 6616141 6616266 - CCTTAAGGAGTTGATTTTGGAAGAATTTCAGCTGGGTGTGCCACCAATGGTAGAACAACTGCGGGTTTATTAGTACATTGGTGACTCAACCGGTTGGAACTCTTCCAAAATCAACTCCGGGCTAAC ......((((((((((((((((((.((((((((((.((.(.((((((((.......((((...))))........)))))))).).)).)))))))))).))))))))))))))))))........ 6616161 6616246 AAGAATTTCAGCTGGGTGTGCCACCAATGGTAGAACAACTGCGGGTTTATTAGTACATTGGTGACTCAACCGGTTGGAACTCTTCC ((((.((((((((((.((.(.((((((((.......((((...))))........)))))))).).)).)))))))))).)))).. 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Ghi-miRN1441b 45983984 45984003 CTTTGTCGCTTCGATTCGTT Ghi-miRN1441b* 45983912 45983932 CGACTTAAATACGCGACGGAG 3 Ghi-MIRN1442 PmiREN008813 MIRN1442 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962126.1 137160 137269 - ATATTATGATCATGATCATTAAGAATTCAATGGGACCCTTCCTCGCGAATCAGACAAAGAAAGAGGAGGCGGGCCCCGTTGAGTTCTTAAACTTTCATGCCTATAACTTA ..................((((((((((((((((.(((((((((..................))))))).))..)))))))))))))))).................... 137180 137249 AAGAATTCAATGGGACCCTTCCTCGCGAATCAGACAAAGAAAGAGGAGGCGGGCCCCGTTGAGTTCTTAA ((((((((((((((.(((((((((..................))))))).))..)))))))))))))).. Ghi-miRN1442 137180 137201 GCGGGCCCCGTTGAGTTCTTAA Ghi-miRN1442* 137229 137249 AAGAATTCAATGGGACCCTTC 3 Ghi-MIRN1443a PmiREN008815 MIRN1443 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962151.1 531833 531965 - TAATAAAAAAATACTTCTTGTCTTTGATGATGTTACTGACCCAGACCAAATGGATTTTGTGGGTGTTAAATATTTTGGTCCTGGAAGTAAAATCATTGTAACATCTAGAGATATACAAGTACTTAGGAATGGA ...........(((((..((((((((..(((((((((((.((((((((((...((((..........))))..)))))).))))........)))..))))))))))))))))...)))))............ 531853 531945 TCTTTGATGATGTTACTGACCCAGACCAAATGGATTTTGTGGGTGTTAAATATTTTGGTCCTGGAAGTAAAATCATTGTAACATCTAGAGATA ((((((..(((((((((((.((((((((((...((((..........))))..)))))).))))........)))..)))))))))))))).. 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Ghi-miRN1445 33170073 33170093 GGCCTCGTGTTGCACCCCTTC Ghi-miRN1445* 33170225 33170245 AGTGCGATAATGGCAAGCCTT 3 Ghi-MIRN1446a PmiREN008822 MIRN1446 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030089.1 65480478 65480598 + GAAACATTCTAGGTTCTTTTACTTGATTATTTATGTTACTCAAATGAACTTTTGCTGGATATTTATGCTTGTTATCAAATTGGGTTGCAATGATGAAGTTTTGGAATCAGTGGAAGGTATT ...........((((((...((((.(((((...(((.((((((.(((......((...........))......)))..)))))).)))))))).))))...))))))............. 65480498 65480578 ACTTGATTATTTATGTTACTCAAATGAACTTTTGCTGGATATTTATGCTTGTTATCAAATTGGGTTGCAATGATGAAGTTT ((((.(((((...(((.((((((.(((......((...........))......)))..)))))).)))))))).)))).. 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Ghi-miRN1446b 11372732 11372751 GGGTTGCAATGATGAAGTTT Ghi-miRN1446b* 11372792 11372812 ACTTGATTATTTATGTTACTC 3 Ghi-MIRN1447 PmiREN008826 MIRN1447 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030099.1 6714669 6714865 - TGAAACGGCGAGAGCTGGTTCGCCGATCGGCTCGGGGCGGGGACCGACGCGGGTCGTGGCGGCGGCCCAAGCCCGGGCCTTTGATACGCCCGTGGAGACGTCGTCGCCTCGATCGTGGGATTCAGCACGCGCCGCCTCGGCGTGCTTCGGCACCTGCGTGCTCCGGGCGTCGGCCTGCGGGCTCCCCATTCGGCCCG .(((..((.(.(((((.((..((((((..((((((((((((..((((.((.(((((.(((((((((.....(((((((.........))))).))....))))))))).)))))(((........)))((((((...)))))))).))))..)))....)))))))))))))))..)).)))))))).)))...... 6714689 6714845 CGCCGATCGGCTCGGGGCGGGGACCGACGCGGGTCGTGGCGGCGGCCCAAGCCCGGGCCTTTGATACGCCCGTGGAGACGTCGTCGCCTCGATCGTGGGATTCAGCACGCGCCGCCTCGGCGTGCTTCGGCACCTGCGTGCTCCGGGCGTCGGCCTG .((((((..((((((((((((..((((.((.(((((.(((((((((.....(((((((.........))))).))....))))))))).)))))(((........)))((((((...)))))))).))))..)))....)))))))))))))))... Ghi-miRN1447 6714824 6714845 CGCCGATCGGCTCGGGGCGGGG Ghi-miRN1447* 6714689 6714709 CGTGCTCCGGGCGTCGGCCTG 3 Ghi-MIRN1448 PmiREN008827 MIRN1448 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030092.1 4140455 4140578 - GCATCAGGAAATTGCGGCCACGTCAGTGCGAGTTGCTAACACGGCAACAAATCGCGCCCTCTAGGACGCGATTTGCTGCTACGTCAGCAATTCGCGCTGACGTGGCCGCGATTTCCTCTGCCAT .....((((((((((((((((((((((((((((((((.((..((((.(((((((((((.....)).))))))))).))))..)).))))))))))))))))))))))))))))))))....... 4140475 4140558 CGTCAGTGCGAGTTGCTAACACGGCAACAAATCGCGCCCTCTAGGACGCGATTTGCTGCTACGTCAGCAATTCGCGCTGACGTG (((((((((((((((((.((..((((.(((((((((((.....)).))))))))).))))..)).))))))))))))))))).. Ghi-miRN1448 4140475 4140494 CAGCAATTCGCGCTGACGTG Ghi-miRN1448* 4140538 4140558 CGTCAGTGCGAGTTGCTAACA 3 Ghi-MIRN1449a PmiREN008829 MIRN1449 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962043.1 1062216 1062363 + ACTACCCCCCAGCAGCACTGTTGGAAGGTTTGGAGGAGAGTGAACAAAACATGCCTTGATGATGATGATGATATATATCGCGAGTATTTCCAATGGAACTCATTGCTCACTCTCCCTCAAACGCTTCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNN .........(((.....)))(((((((((((((.(((((((((.(((......(((((..((((....((((....))))....))))..))).))......))).))))))))).)))))).))))))).................. 1062236 1062343 GGAAGGTTTGGAGGAGAGTGAACAAAACATGCCTTGATGATGATGATGATATATATCGCGAGTATTTCCAATGGAACTCATTGCTCACTCTCCCTCAAACGCTTCCAA (((((((((((.(((((((((.(((......(((((..((((....((((....))))....))))..))).))......))).))))))))).)))))).))))))) Ghi-miRN1449a 1062236 1062256 GGAAGGTTTGGAGGAGAGTGA Ghi-miRN1449a* 1062323 1062343 CTCTCCCTCAAACGCTTCCAA 3 Ghi-MIRN1449b PmiREN008895 MIRN1449 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030076.1 6599679 6599796 - TTAGAAGGAATCGGTTGCTCAATCTCCCTCAAACGCTTCCAGCAATATGCTACACACTACTCCCCAGCAGTACTGCTGGAAGGTTTGGAGGAGATTGAACAAAACATGCCTTGATGAT ....((((......(((.(((((((((.((((((.(((((((((...((((..............))))....))))))))))))))).))))))))).)))......))))...... 6599699 6599776 AATCTCCCTCAAACGCTTCCAGCAATATGCTACACACTACTCCCCAGCAGTACTGCTGGAAGGTTTGGAGGAGATTGA (((((((.((((((.(((((((((...((((..............))))....))))))))))))))).))))))).. Ghi-miRN1449b 6599699 6599719 GGAAGGTTTGGAGGAGATTGA Ghi-miRN1449b* 6599756 6599776 AATCTCCCTCAAACGCTTCCA 3 Ghi-MIRN1450a PmiREN008831 MIRN1450 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030080.1 22454750 22454904 + TAAGTCACCCCCTTTTCTTCATATGTTCTAGCTTGGGGATTTTGATTTACAATTATTTATGGGAATTGTAAGTCACCCCCTTTTCAAAGCTGAAATGGTCAAGCAACTATCAAAATCCCAAGCTAGAACATATGAAGAAAAGTAACTCTTGTTGA ...........((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.........)))))))))))....((.(((((....))))).)).............)))))))))))))))))))))))))))))))((((....)))). 22454770 22454884 ATATGTTCTAGCTTGGGGATTTTGATTTACAATTATTTATGGGAATTGTAAGTCACCCCCTTTTCAAAGCTGAAATGGTCAAGCAACTATCAAAATCCCAAGCTAGAACATATGA (((((((((((((((((.((((((((((((((((.........)))))))))))....((.(((((....))))).)).............)))))))))))))))))))))).. Ghi-miRN1450a 22454865 22454884 TCCCAAGCTAGAACATATGA Ghi-miRN1450a* 22454770 22454790 ATATGTTCTAGCTTGGGGATT 3 Ghi-MIRN1450b PmiREN008833 MIRN1450 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962881.1 13195 13349 + TAAGTCACCCCCTTTTCTTCATATGTTCTAGCTTGGGGATTTTGATTTACAATTATTTATGGGAATTGTAAGTCACCCCATTTTCAAAGCTGAAATGGTCAAGCAACTATCAAAATCCCAAGCTAGAACATATGAAGAAAAGGAACTCTTGTTGA ..........(((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.........)))))))))))...((((((.((....)))))))).............))))))))))))))))))))))))))))))))(((....))).. 13215 13329 ATATGTTCTAGCTTGGGGATTTTGATTTACAATTATTTATGGGAATTGTAAGTCACCCCATTTTCAAAGCTGAAATGGTCAAGCAACTATCAAAATCCCAAGCTAGAACATATGA (((((((((((((((((.((((((((((((((((.........)))))))))))...((((((.((....)))))))).............)))))))))))))))))))))).. 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Ghi-miRN1451 17494471 17494491 CAACGGTGGAGGTATTGTGCT Ghi-miRN1451* 17494338 17494358 CACAATACTTCCACCATTGAG 3 Ghi-MIRN1452 PmiREN008835 MIRN1452 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030085.1 46591497 46591700 - GTGATGAGGAGATTTGTAGTTCGGCCGAGAAGATGACTATGTTATTAAATGCTTCGGTTTATCCGAAGAGGCATTAAATGCCTTATTGGTGTGTTTGGGAGGTTATGATATACTGGTGTGTTATGGAGGATTTAAATTATTTCGGGTGTGTTTAGGTTGGATATTTTGGTGTGTTTGGTTGGAATCCGCGTATCTGTCAGAGTC .........((((.(((..((((((((((.(.((.(..(((((........((((((.....))))))((((((...))))))((((((((((((...........))))))))))))..........(((((((((............))))))))).)))))..).)).).))))))))))....))).))))......... 46591517 46591680 TCGGCCGAGAAGATGACTATGTTATTAAATGCTTCGGTTTATCCGAAGAGGCATTAAATGCCTTATTGGTGTGTTTGGGAGGTTATGATATACTGGTGTGTTATGGAGGATTTAAATTATTTCGGGTGTGTTTAGGTTGGATATTTTGGTGTGTTTGGTTGGAA (((((((((.(.((.(..(((((........((((((.....))))))((((((...))))))((((((((((((...........))))))))))))..........(((((((((............))))))))).)))))..).)).).))))))))).. Ghi-miRN1452 46591659 46591680 TCGGCCGAGAAGATGACTATGT Ghi-miRN1452* 46591517 46591537 TTTTGGTGTGTTTGGTTGGAA 3 Ghi-MIRN1453 PmiREN008837 MIRN1453 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962054.1 821230 821459 + CAGTGGTGGAGACTGTCAAAGACACCCACCACAGCAGCAGCTCCACTTTCTGCAAGTTTGGATGGCTACCACTTTGTTTTCAAAGCTTAGCACCAAAGAAAATAAGGAAAAAAGAAAAAAAAACTGGGGTTTTCTTTGATGGTAAGCTTTGGGCACAGAGGGGCAGCACATCCAAACTTGCAAAATGTGGAGATGCTGGTGTGGTGGGTGTCTTTGACAGTCTCCATCAC ..(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((.((.(((((((((((((((((.((.((((((.(((((((((((.((.((((((((((.((.................))...)))))))))).)).))))))))))).)))))).)).))).)))))))))))))).)).)))))).))))).))))))))))))))))))))))))))))))) 821250 821439 CACCCACCACAGCAGCAGCTCCACTTTCTGCAAGTTTGGATGGCTACCACTTTGTTTTCAAAGCTTAGCACCAAAGAAAATAAGGAAAAAAGAAAAAAAAACTGGGGTTTTCTTTGATGGTAAGCTTTGGGCACAGAGGGGCAGCACATCCAAACTTGCAAAATGTGGAGATGCTGGTGTGGTGGGTGTC (((((((((((.(((((.((((((.((.(((((((((((((((((.((.((((((.(((((((((((.((.((((((((((.((.................))...)))))))))).)).))))))))))).)))))).)).))).)))))))))))))).)).)))))).))))).))))))))))))) Ghi-miRN1453 821250 821270 CACCCACCACAGCAGCAGCTC Ghi-miRN1453* 821419 821439 GATGCTGGTGTGGTGGGTGTC 3 Ghi-MIRN1454a PmiREN008838 MIRN1454 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962204.1 170954 171123 - GAACGAATTTCCCTTGTTACTCGATGATAACTGGGTGAACTCTATGTCGGATAAAGGCAAAATAATGTAACCGTCAAGATGTTTCAGATAAGTTCCTTTGCTTCTTTTCTGGCTTCAGCTAACATAGAGTTCACCTGGTTATCGTCGGGTAACAATGGAGGTTGTTTAAC ((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((...(((((((..(((......(((..((....)).)))..)))..)))))))...)))((((....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))... 170974 171103 TCGATGATAACTGGGTGAACTCTATGTCGGATAAAGGCAAAATAATGTAACCGTCAAGATGTTTCAGATAAGTTCCTTTGCTTCTTTTCTGGCTTCAGCTAACATAGAGTTCACCTGGTTATCGTCGGGT (((((((((((((((((((((((((((.(((...(((((((..(((......(((..((....)).)))..)))..)))))))...)))((((....))))))))))))))))))))))))))))))).. Ghi-miRN1454a 171083 171103 TCGATGATAACTGGGTGAACT Ghi-miRN1454a* 170974 170994 TTCACCTGGTTATCGTCGGGT 3 Ghi-MIRN1454b PmiREN008840 MIRN1454 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962446.1 16241 16410 + GAACGGATTCCTCTTGTTACTCGATGATAACTGGGTGAACTCTATGCCGTATAAAGGCAAAATAATGTAACCGTGAAGATGTTTCTGAGAAGTTCCTTTGCTTCTTTTCTGGCTTCGGCTAACATAGAGTTCACCTGGCTATCATCGGGTAACAATGGAGGTTGTTTAAC ..........(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.......)))..................(((....)))(((((((......)))))))...((((....))))..))))))))))))))).)))))))))))))))..)))).......... 16261 16390 TCGATGATAACTGGGTGAACTCTATGCCGTATAAAGGCAAAATAATGTAACCGTGAAGATGTTTCTGAGAAGTTCCTTTGCTTCTTTTCTGGCTTCGGCTAACATAGAGTTCACCTGGCTATCATCGGGT (((((((((.((((((((((((((((((.......)))..................(((....)))(((((((......)))))))...((((....))))..))))))))))))))).))))))))).. Ghi-miRN1454b 16261 16281 TCGATGATAACTGGGTGAACT Ghi-miRN1454b* 16370 16390 TTCACCTGGCTATCATCGGGT 3 Ghi-MIRN1455 PmiREN008839 MIRN1455 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962360.1 134508 134599 - TCCATCCCTTGTTTCTCTATTTTCTCACTAACGTTATGAAGAAAGCAACTATCTTCGAACTTTTGAGAGACTTCTTTGTATACAACATCAGC ....................(((((((..((.(((.((((((.((...)).))))))))))).)))))))...................... 134528 134579 TTTCTCACTAACGTTATGAAGAAAGCAACTATCTTCGAACTTTTGAGAGACT (((((((..((.(((.((((((.((...)).))))))))))).))))))).. Ghi-miRN1455 134528 134548 TCTTCGAACTTTTGAGAGACT Ghi-miRN1455* 134559 134579 TTTCTCACTAACGTTATGAAG 3 Ghi-MIRN1456 PmiREN008841 MIRN1456 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015963285.1 2108 2365 + GGTTTGGCGGTTGATGTCAGTTCACCCAGAGTCCGAGAGCTGCAAGTGGTCTTCTAAGACAAGGGGGAGAGGCGCTCTCGCTTTCTCCTGATTTTCTCTTGAGTTGGGAATGAGAGAATCCTTTCACTTGGGTCACGAGGGGAGGCTTATATAGCCCTCAAGTCCTGTGGGACAACTATGGGGTGTGTAAGGGCCATGTGTAGAGTACCACTTGCGGCTCTCGGCCTCCGGGCGAATCGCCAGCAACC (((((((((((..........((.(((.(((.((((((((((((((((((.(((((..(((.((((((((((((....))).)))))))(((((((((.............)))))))))(((((.((((.....))))))))).((((((((.(((....((((....))))......))).))))))))..)).))).))))).)))))))))))))))))).))).))).)))))))))..)))) 2128 2345 TTCACCCAGAGTCCGAGAGCTGCAAGTGGTCTTCTAAGACAAGGGGGAGAGGCGCTCTCGCTTTCTCCTGATTTTCTCTTGAGTTGGGAATGAGAGAATCCTTTCACTTGGGTCACGAGGGGAGGCTTATATAGCCCTCAAGTCCTGTGGGACAACTATGGGGTGTGTAAGGGCCATGTGTAGAGTACCACTTGCGGCTCTCGGCCTCCGGGCGAATC .((.(((.(((.((((((((((((((((((.(((((..(((.((((((((((((....))).)))))))(((((((((.............)))))))))(((((.((((.....))))))))).((((((((.(((....((((....))))......))).))))))))..)).))).))))).)))))))))))))))))).))).))).))... Ghi-miRN1456 2128 2148 TTCACCCAGAGTCCGAGAGCT Ghi-miRN1456* 2325 2345 CTCTCGGCCTCCGGGCGAATC 3 Ghi-MIRN1457a PmiREN008843 MIRN1457 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030077.1 43729597 43729809 - AGAGGAGAAATTATTTTATGAACCCTCCTTACCACATCATCCAGGGTCCCTACCAATTAAAAATAAACACATCATCTTTTTTTTCACACCATCCATTTTCCCTTCTTACCAACTGTACATATGATGTGGAAAAGAGATGATGTGTTTATTTTTAATTGGTAGGGACCATGGATGATGTGGTAAGAAGGGTTCATAAAATAATTTCTCCTAAAA ..((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((............................))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).... 43729617 43729789 AACCCTCCTTACCACATCATCCAGGGTCCCTACCAATTAAAAATAAACACATCATCTTTTTTTTCACACCATCCATTTTCCCTTCTTACCAACTGTACATATGATGTGGAAAAGAGATGATGTGTTTATTTTTAATTGGTAGGGACCATGGATGATGTGGTAAGAAGGGTTCA ((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((............................))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).)))))).. Ghi-miRN1457a 43729617 43729637 TGATGTGGTAAGAAGGGTTCA Ghi-miRN1457a* 43729769 43729789 AACCCTCCTTACCACATCATC 3 Ghi-MIRN1457b PmiREN008849 MIRN1457 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030090.1 16494060 16494148 + TTTAATTGGTAGGGATCATGGATGATGTGGTAAGAAGGGTTCATAAAATAATTTTCTCTTTTATATATATGCATAGATTTAATTTTGAG ............((((((((.(((((((((.((((((((((........)))))).)))))))))).))).))).)))))......... 16494080 16494128 TGATGTGGTAAGAAGGGTTCATAAAATAATTTTCTCTTTTATATATATG ((((((((.((((((((((........)))))).)))))))))).))). Ghi-miRN1457b 16494080 16494100 TGATGTGGTAAGAAGGGTTCA Ghi-miRN1457b* 16494108 16494128 ATTTTCTCTTTTATATATATG 3 Ghi-MIRN1457c PmiREN008851 MIRN1457 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030092.1 50320464 50320711 - ACCCTAAACACTAAACTTCGAACCTTGAACCTAAACTCAAACCCAAACCCAAACCTAAACCTCAACCCCGAACTTGGATTTAGGGTTCGAGATTCAAGATTTGAGTTTGGGGTTCGAGATTTAGGGTAAAAAATTGCCAAAATTAAGTGTCAATGACATGTAAAATTTGTTGAAATATCATTAAATAATTGAAAAAGGGACCATGGATGATGTGGTAAGAAGGGTTCATAAAATAATCTCTACAAATC ...................(((((((..(((...(((((...(((..(((....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((...))))).)))))))))))))))))).))).)))))(((((....)))))....(((.(((((...))))).))).(((((.(((....))).)))))..........)))....))).))).)))))....)))))))..................... 50320484 50320691 AACCTTGAACCTAAACTCAAACCCAAACCCAAACCTAAACCTCAACCCCGAACTTGGATTTAGGGTTCGAGATTCAAGATTTGAGTTTGGGGTTCGAGATTTAGGGTAAAAAATTGCCAAAATTAAGTGTCAATGACATGTAAAATTTGTTGAAATATCATTAAATAATTGAAAAAGGGACCATGGATGATGTGGTAAGAAGGGTTCA ((((((..(((...(((((...(((..(((....(((((.(((((((((((((((((((((.(((((...))))).)))))))))))))))))).))).)))))(((((....)))))....(((.(((((...))))).))).(((((.(((....))).)))))..........)))....))).))).)))))....)))))).. 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Ghi-miRN1457d 44251754 44251774 TGATGTGGTAAGAAGGGTTCA Ghi-miRN1457d* 44251656 44251676 AACCCTCCTTACCACATCATC 3 Ghi-MIRN1458 PmiREN008844 MIRN1458 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030083.1 36743476 36743625 - AAATCAAGAACGATCCGAGGAAGATAGAAAGAGGAACCTTGATGATTATCAACCAAAAAAATTATCAGCTTGCCAATTGCCTATAGTAATCTCCCTCGAAGAACCATCAAGGTTCCTCTTTCCATCTTCCTCTAATCCTTCTCGATTTTG (((((.((((.(((..(((((((((.((((((((((((((((((.((.((..........(((((..((.........))..)))))..........))..)).)))))))))))))))))).)))))))))..))).)))).))))).. 36743496 36743605 AAGATAGAAAGAGGAACCTTGATGATTATCAACCAAAAAAATTATCAGCTTGCCAATTGCCTATAGTAATCTCCCTCGAAGAACCATCAAGGTTCCTCTTTCCATCTTCC (((((.((((((((((((((((((.((.((..........(((((..((.........))..)))))..........))..)).)))))))))))))))))).))))).. Ghi-miRN1458 36743585 36743605 AAGATAGAAAGAGGAACCTTG Ghi-miRN1458* 36743496 36743516 AGGTTCCTCTTTCCATCTTCC 3 Ghi-MIRN1459 PmiREN008845 MIRN1459 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030086.1 6631874 6631966 - TGGCTAGGGGCGCTAGGCAGGAGGAAGGGAGGATGGGGTTTGAGGCACGACGCGCGCAACGTTTGTTTTTTTTGGTAACCAGGTGGCGTAAAG ...............(.(((((((((.(((.(.(((.(((((.....))).)).).)).).))).))))))))).)................. 6631894 6631946 GAGGAAGGGAGGATGGGGTTTGAGGCACGACGCGCGCAACGTTTGTTTTTTTT ((((((.(((.(.(((.(((((.....))).)).).)).).))).)))))).. Ghi-miRN1459 6631927 6631946 GAGGAAGGGAGGATGGGGTT Ghi-miRN1459* 6631894 6631914 CGCGCAACGTTTGTTTTTTTT 3 Ghi-MIRN1460 PmiREN008846 MIRN1460 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030095.1 80192 80279 - CTGGTAGTTCGCCGAGTTGGGTAACGCTAGCTTGTGACCCTCGTGGGGGCATTAAGGTGGTTGGACTATGGGCCTACTCATTGAGTTG ....................((...((((.((((((.((((....)))))).)))).))))...)).......(.((((...)))).) 80212 80259 GTAACGCTAGCTTGTGACCCTCGTGGGGGCATTAAGGTGGTTGGACTA ((...((((.((((((.((((....)))))).)))).))))...)).. Ghi-miRN1460 80212 80233 GGGCATTAAGGTGGTTGGACTA Ghi-miRN1460* 80239 80259 GTAACGCTAGCTTGTGACCCT 3 Ghi-MIRN1461 PmiREN008848 MIRN1461 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030089.1 24895440 24895577 + TGCTCCTTCCAGGTTTACTATTTCATCTTCCTCCACTTGCATCCTTCGCATTTTCAGAGCTTAGAGGTTTGACAGTGTTGGGAATGGAGAAAGGGCGCAGGAAGAGGAAGATGAAATAGTAAACCTAAAAGGAGCAAG ((((((((..(((((((((((((((((((((((..(((((.((((((.(((((((((.(((............))).)))))))))..).))))).)))))..)))))))))))))))))))))))..)))))))).. 24895460 24895557 TTTCATCTTCCTCCACTTGCATCCTTCGCATTTTCAGAGCTTAGAGGTTTGACAGTGTTGGGAATGGAGAAAGGGCGCAGGAAGAGGAAGATGAAATA (((((((((((((..(((((.((((((.(((((((((.(((............))).)))))))))..).))))).)))))..))))))))))))).. Ghi-miRN1461 24895537 24895557 CAGGAAGAGGAAGATGAAATA Ghi-miRN1461* 24895460 24895480 TTTCATCTTCCTCCACTTGCA 3 Ghi-MIRN1462 PmiREN008850 MIRN1462 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030092.1 41247156 41247397 + GTTGTAACATCATCTGTGTAGAAAAGATTGGAGGAGTTGGTAATTGCTTTAAGCGGCTGTGATCAAACTTGATTTCACTGGTGCTATCAGCTTTAGTAACAATCTGACCTTAAATTGAATTATTAATTTTTGAATTTTTTTTAAAAAAATTGATTTAATTAAAAGGAAAAGAAGACTTAAATTGAATTATTATTTTTAAGAATTGCTAGAACCACAATTTTTTTCATTTACCCATAGGGGCC ......((((.....)))).((((((((((..((..((((((((((((...((((.(.(((((((....)))..)))).).))))...)))...........(((..((((.((((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))))..))))...)))...((((((.............)))))))))))))))..)).))))))))))......(((...)))... 41247176 41247377 AAAGATTGGAGGAGTTGGTAATTGCTTTAAGCGGCTGTGATCAAACTTGATTTCACTGGTGCTATCAGCTTTAGTAACAATCTGACCTTAAATTGAATTATTAATTTTTGAATTTTTTTTAAAAAAATTGATTTAATTAAAAGGAAAAGAAGACTTAAATTGAATTATTATTTTTAAGAATTGCTAGAACCACAATTTTTTT ((((((((..((..((((((((((((...((((.(.(((((((....)))..)))).).))))...)))...........(((..((((.((((((((((....((((((((.....))))))))...))))))))))..))))...)))...((((((.............)))))))))))))))..)).)))))))))) Ghi-miRN1462 41247176 41247196 AAAGATTGGAGGAGTTGGTAA Ghi-miRN1462* 41247357 41247377 TGCTAGAACCACAATTTTTTT 3 Ghi-MIRN1463 PmiREN008852 MIRN1463 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030092.1 27189639 27189784 + GCGCTTTTCCTCAAACGCCGCTATAGAACATGAGCTTTAGCGGCGCTTTACCCACAAACGCCGCTAAAGAACATGATCTTTAGCGGCACTTTTATTGCAAACGCCGCTAAAAGTACGGTTCTTTAGCGGCGTTTATGGAAAAACGC (((.((((((..(((((((((((.(((((.((.((((((((((((..............(((((((((((......)))))))))))..............))))))).))))).))))))).)))))))))))..)))))).))) 27189659 27189764 TATAGAACATGAGCTTTAGCGGCGCTTTACCCACAAACGCCGCTAAAGAACATGATCTTTAGCGGCACTTTTATTGCAAACGCCGCTAAAAGTACGGTTCTTTAGC ((.(((((.((.((((((((((((..............(((((((((((......)))))))))))..............))))))).))))).))))))).)))) Ghi-miRN1463 27189743 27189764 GCTAAAAGTACGGTTCTTTAGC Ghi-miRN1463* 27189659 27189679 TATAGAACATGAGCTTTAGCG 3 Ghi-MIRN1464 PmiREN008853 MIRN1464 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030094.1 30554173 30554429 - TAGGTCTCATCTTTCTCAGCCCCTTATGGCTTCCATGACTAACCCCAAAGTTTGCTTCGACCTAGTGGAGTCTCCAAGTTCTTTTGTTAAGGTGAGGAGACATTACAATCTAGCAAAACAAGTTGTTGTAGAGAGATGGCAAAGAAGTAGATTGGAGCAGGCTCAAGAAAACAACTGCGGTGGTCGGTTGTGGTGATGGATGCAATAAGGGGCTTAGAAAGATGGGACCTACCGTGGGTATTATAATTGT ((((((((((((((((.((((((((((.((.(((((.(((........((((((((((((.(((((((.((((((....((((.....))))...)))))).)))).((((..(...((((....)))).)..))))..........))).)))))))))))).......((((((((....).)))))))))).))))).)).)))))))))).))))))))))))))))................... .-97.6 30554193 30554409 ATCTTTCTCAGCCCCTTATGGCTTCCATGACTAACCCCAAAGTTTGCTTCGACCTAGTGGAGTCTCCAAGTTCTTTTGTTAAGGTGAGGAGACATTACAATCTAGCAAAACAAGTTGTTGTAGAGAGATGGCAAAGAAGTAGATTGGAGCAGGCTCAAGAAAACAACTGCGGTGGTCGGTTGTGGTGATGGATGCAATAAGGGGCTTAGAAAGATGG ((((((((.((((((((((.((.(((((.(((........((((((((((((.(((((((.((((((....((((.....))))...)))))).)))).((((..(...((((....)))).)..))))..........))).)))))))))))).......((((((((....).)))))))))).))))).)).)))))))))).)))))))).. Ghi-miRN1464 30554193 30554213 ATAAGGGGCTTAGAAAGATGG Ghi-miRN1464* 30554389 30554409 ATCTTTCTCAGCCCCTTATGG 3 Ghi-MIRN1465 PmiREN008854 MIRN1465 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030094.1 8434797 8434896 - GCCTATTTATAGTTGAGGTTCAGGGACTAACTTGCAAATGGTCTAAAAAATTAGGGACCAAAATTGCAATTATCCCATTCAACTTTAAACAACTTGCCTA ((...((((.(((((((.....((((.(((.((((((.((((((..........))))))...))))))))))))).))))))).))))......))... 8434817 8434876 CAGGGACTAACTTGCAAATGGTCTAAAAAATTAGGGACCAAAATTGCAATTATCCCATTC ..((((.(((.((((((.((((((..........))))))...))))))))))))).... Ghi-miRN1465 8434855 8434876 CAGGGACTAACTTGCAAATGGT Ghi-miRN1465* 8434817 8434837 AAAATTGCAATTATCCCATTC 3 Ghi-MIRN1466 PmiREN008855 MIRN1466 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962024.1 397777 397939 - TATGTGTTGAGTGGAGGTTGGTCTCGGACCCTCAACGGAAGGTATTGTCCTGTGGTGGAGTTCTGTCTCCTGCAATCCAAGGAGAGCCCAAAGGGCTTCACAGAGTTAGGAAGACAATACCTTTCGTTGAAGGTCTGAGGCCAACTTCCCCTCAACAATATGT (((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((........)))))).)....)))))))))).....)))))...)))))))))))))))).)))))))))))))))))).)))))).))))). 397797 397919 GTCTCGGACCCTCAACGGAAGGTATTGTCCTGTGGTGGAGTTCTGTCTCCTGCAATCCAAGGAGAGCCCAAAGGGCTTCACAGAGTTAGGAAGACAATACCTTTCGTTGAAGGTCTGAGGCCA ((((((((((.(((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((........)))))).)....)))))))))).....)))))...)))))))))))))))).)))))))))).. Ghi-miRN1466 397797 397817 TTCGTTGAAGGTCTGAGGCCA Ghi-miRN1466* 397899 397919 GTCTCGGACCCTCAACGGAAG 3 Ghi-MIRN1467 PmiREN008856 MIRN1467 Gossypium hirsutum Ghi-NC_030097.1 9596714 9596832 + TAGAGAAAAAAATACTCTAAGCAGGATGCACTGTCAGCAAAAGTATTGAAAATGCTTTCAGCTGAACACTCTTTTCAATACTGCTACTGACAGTGCGTCCTGTTTGGAGCGTTTTTTCT ...((((((((...(((((((((((((((((((((((....(((((((((((.(..(((....)))..)..)))))))))))....)))))))))))))))))))))))..)))))))) 9596734 9596812 GGATGCACTGTCAGCAAAAGTATTGAAAATGCTTTCAGCTGAACACTCTTTTCAATACTGCTACTGACAGTGCGTCCTG ((((((((((((((....(((((((((((.(..(((....)))..)..)))))))))))....)))))))))))))))) 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Ghi-miRN1468 7901022 7901042 TGAATTGGAGAGTGAAGTCAT Ghi-miRN1468* 7901075 7901095 GAGTTCATCTCTTCAATAAAC 3 Ghi-MIRN1469a PmiREN008859 MIRN1469 Gossypium hirsutum Ghi-NW_015962032.1 692825 692983 + AAATACCATAGGGGCCCCTGTACTAGGAGTCAGACTGCATTTTGCATGAAATTTTTAATAGAAAGGGCCAATTTGTTCTTTGATCTAATATATAGGGACTAACTTGTTTAGTTTTGGTAAAATGCAATCTAACTCATAGTATAGGGGCTTTATGGTACT ...((((((((((.(((((((((((.((((.(((.((((((((((..((((((.....((((((((((......))))))...))))....(((((......)))))..)))))).)))))))))).))).)))).))))))))))))))))))))).. 692845 692963 CTAGGAGTCAGACTGCATTTTGCATGAAATTTTTAATAGAAAGGGCCAATTTGTTCTTTGATCTAATATATAGGGACTAACTTGTTTAGTTTTGGTAAAATGCAATCTAACTCATAGTA (((.((((.(((.((((((((((..((((((.....((((((((((......))))))...))))....(((((......)))))..)))))).)))))))))).))).)))).))))) 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