miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Aha-MIRN73 PmiREN000388 MIRN73 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold21697 9632 9857 + AACCCAAACAAAAAAACCTTTAGCTTTAGCTAAGAACGAGTCGCCGAAATTTTTAGAGTATTGAGTACCTCGAATACACCAAGAGTTGGTTTGTAAGCAACTCGCGGTTAAGTGTATTGAGTAATTACTCGAGCAATCAAGTTGGCGCCGTTGCCGGTGACCAGTTGCGTTATCTAAGGATTTAGGATTAGTTTTTAGGCTAGAGCATTTTTATTTATTGCTAACT ......................(((((((((((((((.((((....(((((((((((...(((((((.((((((((((((..((((((.((...)).))))))..)))...)))).)))))....)))))))(((((.....((((((((....))))).))))))))....)))))))))))..)))).))))))).))))))))....(((........))).. 9652 9837 GCTTTAGCTAAGAACGAGTCGCCGAAATTTTTAGAGTATTGAGTACCTCGAATACACCAAGAGTTGGTTTGTAAGCAACTCGCGGTTAAGTGTATTGAGTAATTACTCGAGCAATCAAGTTGGCGCCGTTGCCGGTGACCAGTTGCGTTATCTAAGGATTTAGGATTAGTTTTTAGGCTAGAGCAT (((((((((((((((.((((....(((((((((((...(((((((.((((((((((((..((((((.((...)).))))))..)))...)))).)))))....)))))))(((((.....((((((((....))))).))))))))....)))))))))))..)))).))))))).)))))))).. Aha-miRN73 9652 9671 GCTTTAGCTAAGAACGAGTC Aha-miRN73* 9817 9837 TTAGTTTTTAGGCTAGAGCAT 3 Aha-MIRN74a PmiREN000389 MIRN74 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold5185 15713 15811 + GCACTTATCTTTTCGGTCAACTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGCTTGAGCTGGAAAAGCTTTAGGATGGGTGACCTTCCGAGAAGTGATTG ..............(((((.((((((((((.....((((...(((((....)))))..)))).....)))))))))).))))).......((....)). 15733 15791 CTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGCTTGAGCTGGAAAAGCTTTAGGATGGGT ((((((((((.....((((...(((((....)))))..)))).....)))))))))).. Aha-miRN74a 15733 15753 CTGTCCTGAGAGAACTCCACA Aha-miRN74a* 15771 15791 TGGAAAAGCTTTAGGATGGGT 3 Aha-MIRN74b PmiREN000390 MIRN74 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold7528 4561 4659 + GTGCACATATCTTTTCGGTCAACTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAATGATGCTTGAGCTGGAGCAATTTTAGGATGGGTAACCTTCCGGGAAGTGAT ................(((...(((((((((((...(((((...((((......))))..)))))...)))))))))))...)))........(....) 4581 4639 CTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAATGATGCTTGAGCTGGAGCAATTTTAGGATGGGT (((((((((((...(((((...((((......))))..)))))...))))))))))).. Aha-miRN74b 4581 4601 CTGTCCTGAGAGAACTCCACA Aha-miRN74b* 4619 4639 TGGAGCAATTTTAGGATGGGT 3 Aha-MIRN74c PmiREN000391 MIRN74 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold7528 5038 5136 + GTACACTTATCTTTTCGGTCAACTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAAGATGCTTGAGCTAGAGCAATTTCAGGATGGGTGACCTTCTGGGAAGTGAT ................(((((.(((((((((((...(((...((((.(((...))).)))).)))...))))))))))).)))))........(....) 5058 5116 CTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAAGATGCTTGAGCTAGAGCAATTTCAGGATGGGT (((((((((((...(((...((((.(((...))).)))).)))...))))))))))).) Aha-miRN74c 5058 5078 CTGTCCTGAGAGAACTCCACA Aha-miRN74c* 5096 5116 TAGAGCAATTTCAGGATGGGT 3 Aha-MIRN74d PmiREN000398 MIRN74 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold1416 48439 48537 - GCACTTATCTTTTCGGTCAACTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGCTTGGGCTGGAGTAGTTTCAGGATGGGTGACCTTCCGAGAAGTGATTG ..............(((((.(((((((((((..((((((...(((((....)))))..))))))..))))))))))).))))).......((....)). 48459 48517 CTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGCTTGGGCTGGAGTAGTTTCAGGATGGGT (((((((((((..((((((...(((((....)))))..))))))..))))))))))).. Aha-miRN74d 48497 48517 CTGTCCTGAGAGAACTCCACA Aha-miRN74d* 48459 48479 TGGAGTAGTTTCAGGATGGGT 3 Aha-MIRN74e PmiREN000399 MIRN74 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold17156 45889 45987 - GCACTTATCTTTTCGGTCAACTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGGGTGCTTGAGCTGGAGCAATTTCAGGATGGTGACCTTCCGATAAGTGATTGT ..............(((((.(((((((((((...(((((...(((((....)))))..)))))...)))))))))))))))).....((((....)))) 45909 45967 CTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGGGTGCTTGAGCTGGAGCAATTTCAGGATGGTG (((((((((((...(((((...(((((....)))))..)))))...))))))))))).. Aha-miRN74e 45947 45967 CTGTCCTGAGAGAACTCCACA Aha-miRN74e* 45909 45929 TGGAGCAATTTCAGGATGGTG 3 Aha-MIRN74f PmiREN000400 MIRN74 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold17156 60 158 - GCACTTATCTTTTCGGTCAACTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGGGTGCTTGAGCTGGACTAATTTCAGGATGGGTGACCTTCCAGGAAGAGATTG .((...(((((((((((((.(((((((((((....((((...(((((....)))))..))))....))))))))))).)))))......)))))))))) 80 138 CTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGGGTGCTTGAGCTGGACTAATTTCAGGATGGGT (((((((((((....((((...(((((....)))))..))))....))))))))))).. Aha-miRN74f 118 138 CTGTCCTGAGAGAACTCCACA Aha-miRN74f* 80 100 TGGACTAATTTCAGGATGGGT 3 Aha-MIRN74g PmiREN000401 MIRN74 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold25421 20944 21042 + GTGCACTTATCTTTTTGGTCAACTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGTTTGGGTTGGAGTAGTTTCAGGATGGGTGACCTTCCGGGAAGTGAT ................(((((.(((((((((((..((((((.(.((((......)))).)))))))..))))))))))).))))).............. 20964 21022 CTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGTTTGGGTTGGAGTAGTTTCAGGATGGGT (((((((((((..((((((.(.((((......)))).)))))))..))))))))))).) Aha-miRN74g 20964 20984 CTGTCCTGAGAGAACTCCACA Aha-miRN74g* 21002 21022 TGGAGTAGTTTCAGGATGGGT 3 Aha-MIRN74h PmiREN000402 MIRN74 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold3811 17757 17855 + GCACTTATCTTTTCGGTCAACTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGCTTGGGTTGGAGTAGTTTAAGGATGGGTGACCTTATGGGAAGTGATTG ..............(((((.(((((((.(((..((((((.(.(((((....))))).)))))))..))).))))))).)))))................ 17777 17835 CTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGCTTGGGTTGGAGTAGTTTAAGGATGGGT (((((((.(((..((((((.(.(((((....))))).)))))))..))).))))))).. Aha-miRN74h 17777 17797 CTGTCCTGAGAGAACTCCACA Aha-miRN74h* 17815 17835 TGGAGTAGTTTAAGGATGGGT 3 Aha-MIRN74i PmiREN000403 MIRN74 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold4507 64493 64592 - GCACTTATCTTTTCGGTCAACTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGCTTGGGCTGGAGTAGTTTCAGGATGAGTGACCTTCCGGGAAGTGATTGT ..............(((((.(((((((((((..((((((...(((((....)))))..))))))..))))))))).))))))).....(.((....)).) 64513 64572 CTGTCCTGAGAGAACTCCACAGTTAAGCGTGCTTGGGCTGGAGTAGTTTCAGGATGAGTG (((((((((((..((((((...(((((....)))))..))))))..))))))))).)).. Aha-miRN74i 64552 64572 CTGTCCTGAGAGAACTCCACA Aha-miRN74i* 64513 64533 GGAGTAGTTTCAGGATGAGTG 3 Aha-MIRN75 PmiREN000392 MIRN75 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold3578 75981 76068 + CAGAGTATCTCGCGAAGATCACGTCGATGGTGCTGCCGGTGTCGATTAGCAGTCGTGATACGTCGTGGTCTCCTATGGCCAGTGTGAT ...............((((((((.((((.(((((((.(((....))).)))).))).)).)).))))))))................. 76001 76048 ACGTCGATGGTGCTGCCGGTGTCGATTAGCAGTCGTGATACGTCGTGG (((.((((.(((((((.(((....))).)))).))).)).)).))).. Aha-miRN75 76001 76022 ACGTCGATGGTGCTGCCGGTGT Aha-miRN75* 76028 76048 AGCAGTCGTGATACGTCGTGG 3 Aha-MIRN76 PmiREN000393 MIRN76 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold550 178979 179108 + AGAAAACTAAGATCCGTTCGGATATTTTAAAACTCCGGGTTCGGGTCGGGTTTGGGTCGGGTTTGGGTCGGATATTTCGAGTTCGGATTCGGGTTTACCCGAAGTATCCAAATATTAAAAAATTTGTATC ...................(((((((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((....))).))))))...)))).)))))))))))))))....)))))))))..................... 178999 179088 GATATTTTAAAACTCCGGGTTCGGGTCGGGTTTGGGTCGGGTTTGGGTCGGATATTTCGAGTTCGGATTCGGGTTTACCCGAAGTATCCA ((((((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((....))).))))))...)))).)))))))))))))))....)))))))).. Aha-miRN76 179069 179088 GGGTTTACCCGAAGTATCCA Aha-miRN76* 178999 179019 GATATTTTAAAACTCCGGGTT 3 Aha-MIRN77 PmiREN000394 MIRN77 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold7828 23759 23857 + GTTCGTGTAGCTAACGAGATATTTTTAAAGTCTGCATGTGTGACGATGTGATGACGTCTCGTTCGTGTAGCTGATAAACATTTTTCCTTCTAAATATGA ...............((((.((.((((.((.(((((((..(((.(((((....))))))))..)))))))))..)))).)).))))..((.......)) 23779 23837 TTTTAAAGTCTGCATGTGTGACGATGTGATGACGTCTCGTTCGTGTAGCTGATAAACAT .((((.((.(((((((..(((.(((((....))))))))..)))))))))..)))).)) Aha-miRN77 23779 23798 TTTTAAAGTCTGCATGTGTG Aha-miRN77* 23817 23837 GTTCGTGTAGCTGATAAACAT 3 Aha-MIRN78 PmiREN000395 MIRN78 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold17305 5347 5591 + CCACCATGGATGGCTAGGCATCGTTCTTCTGAGAAGTCTTCAAACACTTCTCCTGCTCCACCTAGCTTCTGAACTCCACCACAGTCAAGCTAATGACTGAAAACAAGCGCTTCGTAGGAGACAACCCACTGATATGTTTTTCGTTTTCTTTTTATTCTACTTTTGTGGATGTCGGATTCACACACTCAAGTATTTTTATTAAGTAGGAAAGATTACTCTTGAGGGACAAAAAATAATATGCAAAA ........((((......))))(((((((.(((.((((((..........(((((((.....(((((((((..........)))..))))))......(((((((((((..((((.((......)).)).))..)))))...)))))).........(((((..(((..((.......))..)))..))))).........))))))))))))).)))..))))))).................. 5367 5571 TTCTTCTGAGAAGTCTTCAAACACTTCTCCTGCTCCACCTAGCTTCTGAACTCCACCACAGTCAAGCTAATGACTGAAAACAAGCGCTTCGTAGGAGACAACCCACTGATATGTTTTTCGTTTTCTTTTTATTCTACTTTTGTGGATGTCGGATTCACACACTCAAGTATTTTTATTAAGTAGGAAAGATTACTCTTGAGGGACA ((((((.(((.((((((..........(((((((.....(((((((((..........)))..))))))......(((((((((((..((((.((......)).)).))..)))))...)))))).........(((((..(((..((.......))..)))..))))).........))))))))))))).)))..))))))). Aha-miRN78 5552 5571 AAGATTACTCTTGAGGGACA Aha-miRN78* 5367 5387 TTCTTCTGAGAAGTCTTCAAA 3 Aha-MIRN79 PmiREN000396 MIRN79 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold12632 74512 74670 - ACTTTTGGCGGAAGAAAATACGGAATCACGTTTTTGGCGGAAAAATGTGGATCGCTTTTTGGCGAAAAAATGCGGAATCGCGTTTTTGGCGAGAAAATTGTGGAATTATGTTTTTGACGGGAAAATGTGAAATTGCGTTTTTGGTGGAACAATTACGGA ...(((.((.((((.....(((.((((((((((((..((.((((((((((.(((((((((.((..(((((((((....))))))))).)).)))))...))))..))))))))))..)).))))))))))..)).))))))).)).))).......... 74532 74650 CGGAATCACGTTTTTGGCGGAAAAATGTGGATCGCTTTTTGGCGAAAAAATGCGGAATCGCGTTTTTGGCGAGAAAATTGTGGAATTATGTTTTTGACGGGAAAATGTGAAATTGCGTT ((.((((((((((((..((.((((((((((.(((((((((.((..(((((((((....))))))))).)).)))))...))))..))))))))))..)).))))))))))..)).)).. Aha-miRN79 74631 74650 CGGAATCACGTTTTTGGCGG Aha-miRN79* 74532 74552 GGGAAAATGTGAAATTGCGTT 3 Aha-MIRN80 PmiREN000397 MIRN80 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold4659 1221 1317 - GAATTGGGTTTCAAATCGGTTTATTATTCTGGGTTTTGGTTTGGCATCGGGTTCGGCACAGTAAACCAATGATAAACCACGAAATTGGAATTTATGG .................(((((((((((...((((((((((.(((.....))).))).))..))))))))))))))))................... 1241 1297 TTATTATTCTGGGTTTTGGTTTGGCATCGGGTTCGGCACAGTAAACCAATGATAAAC ((((((((...((((((((((.(((.....))).))).))..))))))))))))).. Aha-miRN80 1241 1260 ACAGTAAACCAATGATAAAC Aha-miRN80* 1277 1297 TTATTATTCTGGGTTTTGGTT 3 Aha-MIRN81 PmiREN000404 MIRN81 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold47895 874 1057 - GCCAAAGAGCCGAAGACGAAGATCTGGATTTACTCGGGGATAACTTTGTTTTACCAGAGGGACGAAAACGGTTACCAATGCGTCAGGAGAGAGACTGTGGACGACAGAAAATTCGGAGAGTCCCATCAACCGCAGGGTCTTGTCTCAGTAAGTTGGAAGGTAGAATCGTCTTTTCACATGATGA ...........((((((((..((((.((((((((..(((((((((((((.......(((((((.....(((.......((((((.(.((.....)).).)))).))......)))....))))).))....)))))))..))))))))))))))...))))....))))))))........... 894 1037 GATCTGGATTTACTCGGGGATAACTTTGTTTTACCAGAGGGACGAAAACGGTTACCAATGCGTCAGGAGAGAGACTGTGGACGACAGAAAATTCGGAGAGTCCCATCAACCGCAGGGTCTTGTCTCAGTAAGTTGGAAGGTAGA .((((.((((((((..(((((((((((((.......(((((((.....(((.......((((((.(.((.....)).).)))).))......)))....))))).))....)))))))..))))))))))))))...))))... Aha-miRN81 1018 1037 GATCTGGATTTACTCGGGGA Aha-miRN81* 894 914 CTCAGTAAGTTGGAAGGTAGA 3 Aha-MIRN82 PmiREN000879 MIRN82 Arabidopsis halleri Aha-Scaffold25535 6946 7104 + AATGACTTCAGAGGTACAAAAGATGTAAGTTTTATGGTAGTGATCGGTAACAGCTTTACAAAGCGGTACAAAACTTTACAAAACATACCGTTTTGATTGTTACCAATCACAAAAGCTTTATCAAAAGCGTTACAAACAGTTTTAGTACTCTTAGTTTTT .......................((((((((((.((((((((((.((((((((.....((((((((((.................)))))))))).)))))))).)))))........)))))))))).)))))......................... 6966 7084 AGATGTAAGTTTTATGGTAGTGATCGGTAACAGCTTTACAAAGCGGTACAAAACTTTACAAAACATACCGTTTTGATTGTTACCAATCACAAAAGCTTTATCAAAAGCGTTACAAACAG ...((((((((((.((((((((((.((((((((.....((((((((((.................)))))))))).)))))))).)))))........)))))))))).)))))..... Aha-miRN82 7063 7084 TTATCAAAAGCGTTACAAACAG Aha-miRN82* 6966 6986 AGATGTAAGTTTTATGGTAGT 3